사업장 수용 보상금과 관련하여 소송을 진행하는 경우 소송비용 관련 매입세액 공제 여부

과세사업자가 재개발정비사업지구 내 사업장이 수용되었으나 그 보상가격에 이의가 있어 정비사업조합과 사업시행인가무효확인소송 및 명도소송을 진행하며 지출한 소송비용 관련 매입세액은 공제하지 아니하는 것임

[회신] 제조업 및 부동산임대업을 영위하는 사업자가 ｢도시 및 주거환경정비법｣에 따른 재개발정비사업지구 내 소재한 사업장이 같은 법에 따라 수용되었으나 그 보상가격에 이의가 있어 정비사업조합과 사업시행인가무효확인소송 및 명도소송을 진행하며 지출한 소송비용 관련 매입세액은 ｢부가가치세법｣ 제39조제1항에 따라 공제하지 아니하는 것임 ○ 질의인은 PP시의 재개발정비사업지구 내 본인 소유의 상가(이하 “쟁점사업장”)에서 전자부품 제조업(지하 1층)과 부동산임대업(1, 2층)을 영위하고 있는 개인사업자임 ○ 질의인은 조합측이 제시한 상가평가액으로는 인근 지역에 동일 규모의 제조사업장을 신설할 수 없고, - 임대사업을 위해 1~2층에 투자한 리모델링 비용조차 평가액으로 인정받지 못하였다는 이유로 정비사업에 반대하고 있는바 - 조합측에 사업시행인가무효확인소송을 제기하여 다투고 있으며 조합측은 질의인에게 명도소송을 제기하여 소송비용이 지출됨 ○ 쟁점사업장은 ’20.12월 ‘수용’을 원인으로 조합에 소유권이전등기 되었으나 질의인은 공탁된 수용보상금을 미수령하고 쟁점사업장을 조합에 인도하지 아니하였으며 - 쟁점사업장의 임차인들은 모두 퇴거하였으나 제조업은 계속 영위하고 있음 2. 질의내용 ○ 사업자가 재개발정비사업지구 내 사업장이 수용되었으나 보상가격에 이의가 있어 조합측과 사업시행인가무효확인소송 및 명도소송을 진행하는 경우 사업자의 소송비용 관련 매입세액 공제 여부 3. 관련법령 및 관련사례 ○ 부가가치세법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 6. "과세사업"이란 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 말한다. ○ 부가가치세법 제9조 【재화의 공급】 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. ○ 부가가치세법 시행령 제18조 【재화 공급의 범위】 ① 법 제9조제1항에 따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다. 4. 경매, 수용, 현물출자와 그 밖의 계약상 또는 법률상의 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것 ③ 제1항제4호에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 않는다. 3. ｢도시 및 주거환경정비법｣, ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣ 등에 따른 수용절차에서 수용대상 재화의 소유자가 수용된 재화에 대한 대가를 받는 경우 ○ 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】 ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다. 1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) ○ 부가가치세법 제39조 【공제하지 아니하는 매입세액】 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액 7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액 ○ 도시 및 주거환경정비법 제63조 【토지 등의 수용 또는 사용】 사업시행자는 정비구역에서 정비사업(재건축사업의 경우에는 제26조제1항제1호 및 제27조제1항제1호에 해당하는 사업으로 한정한다)을 시행하기 위하여 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣ 제3조 에 따른 토지‧물건 또는 그 밖의 권리를 취득하거나 사용할 수 있다. ○ 도시 및 주거환경정비법 제65조 【｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣의 준용】 ① 정비구역에서 정비사업의 시행을 위한 토지 또는 건축물의 소유권과 그 밖의 권리에 대한 수용 또는 사용은 이 법에 규정된 사항을 제외하고는 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣을 준용한다. 다만, 정비사업의 시행에 따른 손실보상의 기준 및 절차는 대통령령으로 정할 수 있다. ② 제1항에 따라 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣을 준용하는 경우 사업시행계획인가 고시(시장‧군수등이 직접 정비사업을 시행하는 경우에는 제50조제9항에 따른 사업시행계획서의 고시를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 있은 때에는 같은 법 제20조제1항 및 제22조제1항에 따른 사업인정 및 그 고시가 있은 것으로 본다. ○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제19조 【토지등의 수용 또는 사용】 ① 사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 필요하면 이 법에서 정하는 바에 따라 토지등을 수용하거나 사용할 수 있다. ○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제20조 【사업인정】 ① 사업시행자는 제19조에 따라 토지등을 수용하거나 사용하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 국토교통부장관의 사업인정을 받아야 한다. ○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제75조 【건축물등 물건에 대한 보상】 ① 건축물‧입목‧공작물과 그 밖에 토지에 정착한 물건(이하 "건축물등"이라 한다)에 대하여는 이전에 필요한 비용(이하 "이전비"라 한다)으로 보상하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 물건의 가격으로 보상하여야 한다. 1. 건축물등을 이전하기 어렵거나 그 이전으로 인하여 건축물등을 종래의 목적대로 사용할 수 없게 된 경우 2. 건축물등의 이전비가 그 물건의 가격을 넘는 경우 3. 사업시행자가 공익사업에 직접 사용할 목적으로 취득하는 경우